Χρησιμοποιώντας τα επιχειρήματα ότι το νομοσχέδιο «δεν κατοχυρώνει τη θερμική θωράκιση της ακαδημαϊκής οικονομικής και διοικητικής αυτοτέλειας των πανεπιστημίων» και ότι «δεν αποτελεί πλαίσιο νόμου, αλλά υπεισέρχεται σε λεπτομέρειες, οι οποίες θα μπορούσαν να ρυθμιστούν εσωτερικά από τα πανεπιστήμια» στην ουσία απορρίπτει το προσχέδιο του ΥΠΕΠΘ ως βάση συζήτησης, χαλώντας τη σούπα της Μ. Γιαννάκου και του Βερέμη που έχουν επιστρατεύσει λιτούς και δεμένους (πρωτοβουλία πανεπιστημιακών με συλλογή υπογραφών, εκδήλωση του ΕΣΥΠ με καθηγητάδες του εξωτερικού, θιασώτες των αμερικάνικων πανεπιστημίων κλπ) για να στηρίξουν το έργο τους. Η Σύνοδος κρατά αποστάσεις και από την προωθούμενη ρύθμιση της κατάργησης του ασύλου.
Να κρατήσει αποστάσεις από το κλίμα που προσπαθεί να δημιουργήσει το υπουργείο Παιδείας ότι όλοι συμφωνούν με τις προτεινόμενες αλλαγές στο νόμο-πλαίσιο για τα ΑΕΙ-ΤΕΙ, επιχειρεί η Σύνοδος των Πρυτάνεων, που συνήλθε σε έκτακτη συνεδρίαση την περασμένη Δευτέρα 27 του Νοέμβρη, υπό νέα σύνθεση (μετά τις τελευταίες πρυτανικές εκλογές).
Επιβεβαιώνοντας όμως τη θέση και το ρόλο του πανεπιστημιακού κατεστημένου, στρέφεται και ενάντια σε μαχητικές εκδηλώσεις των φοιτητών που βάζουν πάγο σε αντιδραστικά μέτρα και αποφάσεις της αφεντιάς της ή και άλλων οργάνων ή μεμονωμένων καθηγητών, θεωρώντας ότι αυτές οι εκδηλώσεις ακυρώνουν και απαξιώνουν το «θεσμικό» κύρος και υπονοώντας ότι διευκολύνουν την επιχειρηματολογία των καλοθελητών της κατάργησης του ασύλου.