Οταν στις αρχές Ιουνίου η πολιτοφυλακή της Ενωσης Ισλαμικών Δικαστηρίων κατάφερε να νικήσει τον συνασπισμό των πολέμαρχων, που υποστηρίζονταν οικονομικά και στρατιωτικά από τις ΗΠΑ, και να θέσει υπό τον έλεγχό της την πρωτεύουσα της Σομαλίας Μογκαντίσου, γράφαμε ότι ο Λευκός Οίκος δεν θα παραιτηθεί εύκολα από την προσπάθεια να εμποδίσει την εδραίωση στην εξουσία μιας εχθρικής ισλαμικής κυβέρνησης σε μια περιοχή στρατηγικής σημασίας όπως είναι το Κέρας της Αφρικής. Στο διάστημα που ακολούθησε η Ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων κατάφερε να επιβάλει μια στοιχειώδη έννομη τάξη και να ενισχύσει τον έλεγχό της στο Μογκαντίσου καθώς και να τον επεκτείνει σε πολλές περιοχές στο νότιο τμήμα της χώρας.
Στην κρίσιμη αυτή φάση μπήκε στο παιχνίδι η κυβέρνηση της Αιθιοπίας, με τις ευλογίες φυσικά των Αμερικάνων, αναλαμβάνοντας να παίξει το ρόλο του προστάτη της μεταβατικής σομαλικής κυβέρνησης και ταυτόχρονα του χωροφύλακα απέναντι στην ισλαμική πολιτοφυλακή. Η μεταβατική κυβέρνηση είχε σχηματιστεί στην Κένυα το 2004 με παρέμβαση του ΟΗΕ (ήταν η 14η προσπάθεια σχηματισμού κυβέρνησης από την ανατροπή του Σιάντ Μπαρέ το 1991), για να αντιμετωπίσει τους πολέμαρχους, που είχαν μοιράσει την πρωτεύουσα και τη χώρα σε φέουδα και τα λυμαίνονταν, και να επιβάλει μια στοιχειώδη έννομη τάξη. Πρόκειται για κυβέρνηση αδύναμη, χωρίς λαϊκή βάση, με έδρα την πόλη Μπαϊντόα, και η όποια εξουσία της περιορίζεται στα όρια της πόλης αυτής. Οι διαπραγματεύσεις ανάμεσα στη μεταβατική κυβέρνηση και την Ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων προχωρούσαν με βήμα χελώνας, ώσπου ο διορισμένος πρόεδρος Αμπντουλάχ Γιουσούφ, ο οποίος διατηρεί στενές σχέσεις με την κυβέρνηση της Αιθιοπίας, ζήτησε τη βοήθεια και την παρέμβαση της τελευταίας για να αποτραπεί, όπως υποστήριξε, η επίθεση της ισλαμικής πολιτοφυλακής εναντίον της Μπαϊντόα. Στις 20 Ιουλίου 100 φορτηγά και 5.000 περίπου αιθιοπικά στρατεύματα διέσχισαν τα σύνορα και κατευθύνθηκαν προς τη Μπαϊντόα. Στις 22 Ιουλίου κυκλοφόρησε η πληροφορία ότι αιθιοπικά στρατεύματα μετακινήθηκαν και στην πόλη WaJid στη νοτιοδυτική Σομαλία. Την ίδια μέρα συγκεντρώθηκαν χιλιάδες άνθρωποι στο Μογκαντίσου για να ζητήσουν την άμεση αποχώρηση των αιθιοπικών στρατευμάτων και η Ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων ανακοίνωσε ότι θα ξεκινήσει «ιερό πόλεμο» για να διώξει τα ξένα στρατεύματα από τη χώρα, ενώ ο πρόεδρος της Αιθιοπίας απάντησε ότι «θα συντρίψει την Ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων αν επιτεθεί εναντίον της Μπαϊντόα».
Οι περισσότεροι Σομαλοί θεωρούν προσβολή και ταυτόχρονα σοβαρή πρόκληση την ανάμειξη της Αιθιοπίας στις εσωτερικές τους υποθέσεις, καθώς από το 1960 που η Σομαλία ανακηρύχθηκε ανεξάρτητο κράτος, οι σχέσεις της με την γειτονική Αιθιοπία δεν ήταν ποτέ αρμονικές, κυρίως λόγω εδαφικών διαφορών. Η Σομαλία υποστηρίζει ότι η Αιθιοπία κατέχει ένα τμήμα του εδάφους της, την περιοχή Ογκαντέν (εκεί δρα και ένα αντάρτικο κίνημα, το Εθνικό Απελευθερωτικό Μέτωπο του Ογκαντέν), η οποία παραχωρήθηκε από τους βρετανούς αποικιοκράτες στην Αιθιοπία. Η διαφορά αυτή έχει προκαλέσει δύο πολέμους, το 1964 και το 1977, ανάμεσα στις δύο χώρες, χωρίς να αλλάξει τίποτα προς όφελος της Σομαλίας. Γι’ αυτό και πολλοί αναλυτές εκτιμούν ότι η προσφυγή της μεταβατικής κυβέρνησης στη «βοήθεια» της Αιθιοπίας θα πλήξει ανεπανόρθωτα το όποιο κύρος διαθέτει και θα ριζοσπαστικοποιήσει το λαό προς όφελος των ισλαμιστών.
Η κυβέρνηση της Αιθιοπίας δεν θέλει την εδραίωση μιας ισχυρής ισλαμικής κυβέρνησης, γιατί φοβάται ότι μπορεί να θέσει ξανά επί τάπητος, με διάφορα μέσα, ακόμη και στρατιωτικά, τη διεκδίκηση της περιοχής του Ογκαντέν, αλλά και γιατί θα αποτελεί εμπόδιο στις επεκτατικές της βλέψεις.
Η παρουσία αιθιοπικών στρατευμάτων στο έδαφος της Σομαλίας θεωρείται από την Ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων casus beli και απαιτεί την άμεση αποχώρησή τους προκειμένου να πάρει μέρος στις διαπραγματεύσεις με τη μεταβατική κυβέρνηση που είχαν διακοπεί και επρόκειτο να ξαναρχίσουν στις 22 Ιουλίου στην πρωτεύουσα του Σουδάν. Ο κίνδυνος μιας νέας πολεμικής σύρραξης μεταξύ του αιθιοπικού στρατού -ενός στρατού εμπειροπόλεμου από τους πολέμους με την Ερυθραία και καλά εξοπλισμένου- και της ισλαμικής πολιτοφυλακής είναι σοβαρός. Ωστόσο, αυτή τη στιγμή η αιθιοπική στρατιωτική παρέμβαση φαίνεται ότι χρησιμοποιείται κυρίως για να σταματήσει την προέλαση της ισλαμικής πολιτοφυλακής και να ενισχύσει τη διαπραγματευτική θέση της μεταβατικής κυβέρνησης. Σε περίπτωση όμως που οι εξελίξεις δεν ικανοποιούν τους Αμερικάνους, κάτι περισσότερο από πιθανό, δεν υπάρχει αμφιβολία ότι το επόμενο βήμα θα είναι, με το πρόσχημα του «πολέμου κατά της τρομοκρατίας», να ρίξουν τον αιθιοπικό στρατό εναντίον των Ισλαμιστών. Μια τέτοια προοπτική εγκυμονεί τον κίνδυνο ευρύτερης περιφερειακής ανάφλεξης, με εμπλοκή και της Ερυθραίας, η οποία κατηγορείται από την κυβέρνηση της Αιθιοπίας ότι προσφέρει όπλα και στήριξη στην Ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων.