Πέντε μέλη του υπηρεσιακού συμβουλίου του υπουργείου Γεωργίας, οι Σ. Σαγρής, Κ. Θεσσαλός, Ε. Χονδροκούκη, Γ. Δραμυτινός και Κ. Καραμήτρος, παραπέμπονται να δικαστούν σε Τριμελές Πλημμελειοδικείο με την κατηγορία της παράβασης καθήκοντος, γιατί σύμφωνα με το Διοικητικό Εφετείο Αθηνών έκριναν μέσα σε τρεις ώρες 421 υποψήφιους για τη θέση του προϊσταμένου, γιατί παράνομα, μέσα σε ελάχιστο διάστημα, έκριναν ως προϊστάμενο Διεύθυνσης τον Γ. Γκαβαλέκα σε βάρος του Α. Κατζηλάκη και γιατί, όταν το Δεκέμβρη του 2006 επανέκριναν τους Γ. Γκαβαλέκα και Α. Κατζηλάκη (όπως τους υποχρέωνε το Διοικητικό Εφετείο Αθηνών), έκριναν πάλι τον Γ. Γκαβαλέκα ως κατάλληλο για προϊστάμενο. Oι τέσσερις πρώτοι είναι στελέχη της ΔΑΚΕ και ταυτόχρονα κατέχουν σοβαρές κυβερνητικές θέσεις, ενώ ο πέμπτος είναι στέλεχος της ΠΑΣΚΕ, αιρετός στο υπηρεσιακό συμβούλιο (όπως και ο Γ. Δραμυτινός που εδώ και ένα χρόνο έγινε Διευθύνων Σύμβουλος στον ΟΠΕΓΕΠ). Η παραπομπή τους έγινε μετά από μήνυση που κατέθεσε ο Α. Κατζηλάκης και πρόταση του εισαγελέα που την χαρακτήρισε υπόθεση μείζονος σημασίας.
Ακόμη, οι Σκιαδάς (γενικός γραμματέας του υπουργείου Γεωργίας), Ιατρίδης (διευθυντής του πολιτικού γραφείου του Α. Κοντού), Χωρεμιώτη (γενική διευθύντρια του υπουργείου Γεωργίας) και Καραλάζου (τμηματάρχης) παραπέμπονται με την κατηγορία της παράβασης καθήκοντος. Η παραπομπή έγινε μετά από μηνυτήρια αναφορά που είχε υποβάλει ο Α. Κατζηλάκης.
Τέλος, μετά από προσφυγή του Α. Κατζηλάκη στο Συμβούλιο της Επικρατείας, το Γ’ Τμήμα εξέδωσε την απόφαση 1070 του 2008 (δημοσιεύτηκε στις 27 Μάρτη του 2008), σύμφωνα με την οποία ακυρώνεται η απόφαση του υπουργού Γεωργίας με την οποία τοποθετούνταν ως γενικός διευθυντής ο Ε. Περουτσέας (στέλεχος της ΔΑΚΕ) και παραπέμπεται στο Ειδικό Υπηρεσιακό Συμβούλιο για επανάκριση η υπόθεση των Ε. Περουτσέα και Α. Κατζηλάκη. Το ΣτΕ έκρινε ότι το υπηρεσιακό συμβούλιο δεν συνέταξε την ειδική αιτιολογία που απαιτείται στις περιπτώσεις όπως αυτή του Α. Κατζηλάκη, που εμφανίζει «κατάδηλη υπεροχή σε σχέση με τον επιλεγέντα Ε. Περουτσέα εν όψει της διαρκούς και όχι ευκαιριακής επαγγελματικής κατάρτισης του αιτούντος, αλλά και των εξαιρετικών επιστημονικών του γνώσεων».
Αυτή η απόφαση του ΣτΕ εισήχθηκε για συζήτηση στο Ειδικό Υπηρεσιακό Συμβούλιο την Τετάρτη, το οποίο μέχρι την Πέμπτη το απόγευμα που γράφεται αυτό το σχόλιο δεν είχε εκδώσει την απόφαση για το ποιος θα γίνει γενικός διευθυντής. Αυτή η καθυστέρηση στη λήψη της απόφασης είναι περίεργη, γιατί συνήθως οι αποφάσεις έβγαιναν ως το βράδυ της ίδιας ημέρας. Στην προκειμένη περίπτωση, που το ΣτΕ αναγνωρίζει κατάδηλη υπεροχή του Α. Κατζηλάκη έναντι του Ε. Περουτσέα, είναι πολύ δύσκολο για το Ειδικό Υπηρεσιακό Συμβούλιο να ξαναπαρακάμψει τον Α. Κατζηλάκη και να κάνει αρχικά τον Ε. Περουτσέα και στη συνέχεια τον Γ. Γκαβαλέκα γενικό διευθυντή Ερευνας και Γεωργικών Εφαρμογών.
Η είδηση των δύο δικαστικών παραπομπών έπεσε σαν κεραυνός στα Νεοδημοκρατικά στελέχη που όχι μόνο θεωρούσαν, αλλά και διαλαλούσαν, ότι έχουν τα μέσα και τους μηχανισμούς και δεν πρόκειται καν να παραπεμφθούν στο δικαστήριο ως κατηγορούμενοι. Τα πράγματα για την πρώτη ομάδα κατηγορουμένων είναι ακόμη πιο δύσκολα. Πρέπει να αποφύγουν το σκεπτικό της απόφασης 1070/2008 του ΣτΕ, σύμφωνα με το οποίο είναι κατάδηλη η υπεροχή του Α. Κατζηλάκη έναντι του Ε. Περουτσέα, και έτσι να δικαιολογήσουν την παράλειψη του Α. Κατζηλάκη υπέρ του Γ. Γκαβαλέκα που το μοναδικό του προσόν ήταν και είναι να λέει «yes» στην πολιτική ηγεσία του υπουργείου Γεωργίας.
Ο Α. Κατζηλάκης δεν κυνηγήθηκε μόνο γιατί αμφισβήτησε τις επιλογές της πολιτικής ηγεσίας του υπουργείου Γεωργίας στην τοποθέτηση των προϊστάμενων της Διεύθυνσης Χωροταξίας και Προστασίας Περιβάλλοντος και στη Γενική Διεύθυνση Ερευνας και Γεωργικών Εφαρμογών. Κυνηγήθηκε γιατί αντιστάθηκε στις επιλογές της πολιτικής ηγεσίας να προχωρήσει στη νομιμοποίηση των αντισυνταγματικών διατάξεων του νόμου 3399/2005 για τη γη υψηλής παραγωγικότητας. Εμείς αυτή τη στάση την εκτιμήσαμε πολύ και χωρίς να βάζουμε σε αντιδιαστολή τα ιδιαί-τερα προσόντα του Α. Κατζηλάκη (που τα αναγνώρισε ακόμη και το ΣτΕ, γεγονός που προκάλεσε πανικό στους Νεοδημοκρατικούς κύκλους) αποφασίσαμε να τον στηρίξουμε αγνοώντας όλους εκείνους που έσπευσαν αμέσως μετά το πρώτο δημοσίευμά μας να μας λοιδορήσουν. Οποια κι αν είναι η κατάληξη των δύο δικών και η απόφαση του ειδικού υπηρεσιακού συμβουλίου, ο Α. Κατζηλάκης δικαιώνεται στη συνείδηση πολλών υπαλλήλων του υπουργείου Γεωργίας.
