Ολόκληρη σχεδόν τη νότια Σομαλία ελέγχουν πλέον οι μαχητές της Ενωσης Ισλαμικών Δικαστηρίων μετά την κατάληψη της πόλης Κισμάγιο και όλου του νοτιότερου τμήματος της χώρας μέχρι τα σύνορα της Κένυας. Η πόλη Κισμάγιο είναι η τρίτη σε μέγεθος της χώρας, σημαντικό λιμάνι και εμπορικό κέντρο, 500 χιλιόμετρα νότια της πρωτεύουσας Μογκαντίσου. Μόνο η πόλη Μπαϊντόα παραμένει υπό τον έλεγχο της προσωρινής κυβέρνησης, η οποία σχηματίστηκε το 2004 με την παρέμβαση του ΟΗΕ, με στόχο την αποκατάσταση της τάξης, χωρίς όμως να καταφέρει ποτέ να επεκτείνει την εξουσία της πέρα από τα όρια της Μπαϊντόα, που αποτελεί και την έδρα της.
Η πόλη Κισμάγιο πέρασε στα χέρια των ισλαμιστών μαχητών ειρηνικά στις 24 Σεπτεμβρίου, αφού ο ένας, ο οποίος ήταν και υπουργός Άμυνας της προσωρινής κυβέρνησης, από τους τέσσερις πολέμαρχους της συμμαχίας που είχαν μέχρι τότε υπό τον έλεγχό τους την πόλη, διέφυγε με τους άντρες του, και οι υπόλοιποι ήρθαν σε συμφωνία με την Ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων και κατέθεσαν τα όπλα τους.
Βασικός στόχος της κατάληψης της πόλης Κισμάγιο από τους ισλαμιστές μαχητές ήταν να αποτραπεί η άφιξη στο λιμάνι της και η ανάπτυξη της «ειρηνευτικής» στρατιωτικής δύναμης από αφρικανικές χώρες, με σκοπό την υποστήριξη της προσωρινής κυβέρνησης. Η απόφαση για την ανάπτυξη της δύναμης αυτής πάρθηκε σε σύνοδο της Αφρικανικής ενωσης στα μέσα του Σεπτέμβρη, κάτω από την πίεση της προσωρινής κυβέρνησης της Σομαλίας, που βλέπει να στενεύει ο κλοιός γύρω της και ζητά απεγνωσμένα βοήθεια απέξω, στο όνομα της «προστασίας» της χώρας και της ευρύτερης περιοχής από την ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων, την οποία αποκαλεί «παρακλάδι της Αλ – Κάιντα» και «τρομοκράτες». Η τελευταία δήλωσε εξαρχής την πλήρη αντίθεσή της σε οποιαδήποτε ξένη επέμβαση και παρουσία στη χώρα και χαρακτήρισε αιτία πολέμου την είσοδο και την εγκατάσταση, σύμφωνα με αυτόπτες μάρτυρες, αιθιοπικών στρατευμάτων σε στρατόπεδο έξω από την Μπαϊντόα, μετά την κατάληψη της Κισμάγιο, με αποστολή να υπερασπίσουν την πόλη και την προσωρινή κυβέρνηση σε περίπτωση προέλασης των ισλαμιστών μαχητών για την κατάληψή της.
Ο έλεγχος από τις δυνάμεις της Ενωσης Ισλαμικών Δικαστηρίων τόσο των συνόρων με την Κένυα όσο και των ακτών της νότιας Σομαλίας αποτελεί σοβαρό, αν όχι ανυπέρβλητο, εμπόδιο για την ανάπτυξη της σχεδιαζόμενης αφρικανικής «ειρηνευτικής» στρατιωτικής δύναμης, ενώ ο έλεγχος ολόκληρης σχεδόν πλέον της νότιας Σομαλίας ενισχύει τη διαπραγματευτική της θέση και αποδυναμώνει ακόμη περισσότερο την ήδη αδύναμη προσωρινή κυβέρνηση. Ουσιαστικά, το μόνο διαπραγματευτικό όπλο που έχει απομείνει στην τελευταία είναι η διεθνής αναγνώριση και η στρατιωτική υποστήριξη της Αιθιοπίας, για την οποία όμως υπάρχει μεγάλη λαϊκή αντίδραση, που την εκμεταλλεύονται φυσικά οι ισλαμιστές μαχητές.
Παρεμπιπτόντως, αξίζει να σημειωθεί ότι η Ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων κερδίζει συνεχώς έδαφος στον πληθυσμό και εδραιώνει τη θέση της εφαρμόζοντας μια μετριοπαθή πολιτική, χωρίς τις ακρότητες άλλων ισλαμικών κινημάτων. Ιδού τι αναφέρουν, μεταξύ άλλων, οι «Νιου Γιορκ Τάιμς» (24/9/06) σε ρεπορτάζ σχετικό με την κατάσταση στην πρωτεύουσα Μογκαντίσου. «Η Ενωση Ισλαμικών Δικαστηρίων προσφέρει κοινωνικές υπηρεσίες, έχει διορίσει πανεπιστημιακούς καθηγητές σε διοικητικές θέσεις – κλειδιά, επέτρεψε να ξανανοίξουν μερικοί κινηματογράφοι και θέατρα, δεν επιβάλλει στις επιχειρήσεις να σταματούν τις δραστηριότητές τους τις ώρες της προσευχής, επιτρέπει στα κορίτσια να πηγαίνουν στο σχολείο, κινητοποιεί τον κόσμο στις γειτονιές να αναλαμβάνει πρωτοβουλίες για την καθαριότητα και την αποκατάσταση ζημιών..».