Η περίπτωση της Aafia Siddiqui είναι ένα από τα χιλιάδες εγκλήματα που έχουν διαπράξει οι Αμερικάνοι σε βάρος κρατουμένων στο όνομα του «πολέμου κατά της τρομοκρατίας». Πακιστανή στην καταγωγή, σπούδασε στο ΜΙΤ (Ινστιτούτο Τεχνολογίας της Μασαχουσέτης) και στο Brandeis University, όπου έκανε το διδακτορικό της στην επιστήμη της Νευροδιαγνωστικής. Κατά την παραμονή της στις ΗΠΑ, ανέπτυξε πλούσια εθελοντική και ανθρωπιστική δράση μέσα από μουσουλμανικές οργανώσεις και επέστρεψε στην πατρίδα της μετά την επίθεση της 11ης Σεπτεμβρίου.
Οπως καταγγέλλει η μητέρα της, στις 30 Μαρτίου του 2003, η Αafia έφυγε από το πατρικό της σπίτι, μαζί με τα τρία παιδιά της, με ταξί, για να πάρει την πτήση για Ραβαλπίντι, όμως δεν έφτασε ποτέ στο αεροδρόμιο. Την απήγαγαν πράκτορες της πακιστανικής υπηρεσίας πληροφοριών και την παρέδωσαν στους Αμερικάνους, γεγονός που επιβεβαίωσε το Μάιο του 2004 ο πακιστανός υπουργός Εσωτερικών. Εκτοτε χάνονται τα ίχνη της και αρχίζει ο Γολγοθάς του εγκλεισμού της σε μυστική φυλακή, των ανακρίσεων και των βασανιστηρίων, με στόχο να της αποσπάσουν πληροφορίες για πρόσωπα, μουσουλμανικές και πακιστανικές συλλογικότητες, δίκτυα της Αλ-Κάιντα και εν υπνώσει πυρήνες στις ΗΠΑ». Το 2006, η Διεθνής Αμνηστεία τη χαρακτήρισε ένα από τους πολ- λούς εξαφανισμένους στον αμερικάνικο «πόλεμο κατά της τρομοκρατίας». Το Φεβρουάριο του 2008, η «Ασιατική Επιτροπή για τα Ανθρώπινα Δικαιώματα» ανακοίνωσε ότι μεταφέρθηκε στο Καράτσι, όπου βασανίστηκε άγρια για να την αναγκάσουν να καταθέσει ως μάρτυρας κατηγορίας εναντίον του φερόμενου ως εγκεφάλου της επίθεσης της 11ης Σεπτέμβρη, Khalid Shiekh Mohammed, με τον οποίο τη συνέδεε ο γάμος της με έναν ανηψιό του, γιατρό στη Βοστώνη, ο οποίος επίσης έχει συλληφθεί.
Στις 18 Ιουλίου του 2008, σύμφωνα με το κατηγορητήριο, την επισκέφτηκε μια ομάδα Αμερικάνων για να την ανακρίνουν σε αστυνομικό τμήμα της επαρχίας Ghazni του Αφγανιστάν, όπου αυτή κατάφερε να αρπάξει το όπλο ενός στρατιωτικού και να πυροβολήσει εναντίον τους για να δεχτεί στη συνέχεια η ίδια πυροβολισμούς στην προσπάθειά τους να την αφοπλίσουν. Οι Αμερικάνοι υποστηρίζουν ότι από το 2003 μέχρι το 2008 η Aafia Siddiqui είχε εξαφανιστεί με τα παιδιά της και ότι είχε συλληφθεί μια μέρα πριν από το παραπάνω περιστατικό.
Οι συνήγοροί της έθεσαν στο δικαστήριο το εύλογο ερώτημα: πώς κατάφερε μια ασθενική και αδύνατη γυναίκα να τα βάλει με τρεις αμερικάνους αξιωματι κούς, δύο πράκτορες του FBI και δύο διερμηνείς του στρατού, να αρπάξει το όπλο, να πυροβολήσει από πολύ κοντινή απόσταση εναντίον τους, να μην τραυματιστεί κανείς, εκτός από εκείνη, που τραυματίστηκε σοβαρά από σφαίρες στο στομάχι και στον ώμο. Κατέθεσαν επίσης ότι στον τόπο του περιστατικού δεν βρέθηκαν σφαίρες, ούτε υπολείμματα σφαιρών, ούτε εντοπίστηκαν τρύπες από σφαίρες στο χώρο.
Η ίδια μίλησε στο δικαστήριο για την απαγωγή της, τη φυλάκισή της σε μυστική φυλακή, τα βασανιστήρια που υπέστη. Αρνήθηκε κατηγορηματικά τις κατηγορίες που της αποδίδουν και περιέγραψε ότι πυροβολήθηκε εν ψυχρώ.
Παρόλο που δεν μπόρεσαν να βρούν στοιχεία για να την κατηγορήσουν για «τρομοκρατική» δράση, οι αμερικάνοι δικαστές (δικάστηκε σε δικαστήριο της Νέας Υόρκης) αποφάνθηκαν στις 3 Φεβρουαρίου ότι πρόκειται για «επικίνδυνο άτομο» και ικανό να διαπράξει και τις 7 κατηγορίες που της αποδίδονται (απόπειρες ανθρωποκτονίας και οπλοχρησία). Η δικαστική απόφαση για την ποινή που θα της επιβληθεί θα ανακοινωθεί στις 6 Μαΐου και αναμένεται να είναι ακόμη και ισόβια, αφού για κάθε μια από τις κατηγορίες για τις οποίες κρίθηκε ένοχη προβλέπεται ποινή μέχρι και 30 χρόνια. Είναι φανερό ότι πρόκειται για καραμπινάτη σκευωρία. Στο Πακιστάν, είναι κοινή πεποίθηση ότι η Siddiqui καταδικάστηκε με κατασκευασμένες κατηγορίες, γεγονός που έχει προκαλέσει οργισμένες αντιδράσεις και διαδηλώσεις, οι οποίες ανάγκασαν τον εκπρόσωπο του πακιστανικού ΥΠΕΞ να δηλώσει ότι η «κυβέρνηση θα κάνει ό,τι είναι δυνατόν και θα χρησιμοποιήσει όλα τα μέσα για να φέρει πίσω στο Πακιστάν την Αafia Siddiqui».