Την Πέμπτη 22 Μαρτίου, ο στρατός του Μάλι υπό τη διοίκηση ομάδας αξιωματικών, ανέτρεψε τον πρόεδρο Αμάντου Τουμάνι Τουρέ και ανέλαβε τη διακυβέρνηση της χώρας. Ο λόγος που επικαλέστηκαν οι πραξικοπηματίες ήταν η αδυναμία του ανατραπέντα προέδρου να εξοπλίσει το στρατό, ώστε να μπορεί να αντιμετωπίσει αποτελεσματικά την ένοπλη εξέγερση των Τουαρέγκ στο βόρειο τμήμα της χώρας, η οποία σημειώνει στρατηγικής σημασίας νίκες. Η ένοπλη εξέγερση των νομάδων Τουαρέγκ ξεκίνησε τον Ιανουάριο και ο διακυρηγμένος στόχος της είναι η ανεξαρτησία των περιοχών που ζουν οι συγκεκριμένες φυλές, οι οποίες εκτείνονται μέχρι το Τιμπουκτού στα κεντρικά της χώρας.
Πολλοί από τους αξιωματικούς που ηγήθηκαν του πραξικοπήματος έχουν εκπαιδευτεί στον αμερικάνικο στρατό, ενώ το ίδιο το Μάλι ανήκει στα αμερικανόδουλα καθεστώτα της περιοχής και ο στρατός του συνεργάζεται με τον αμερικάνικο για την καταπολέμηση της ισλαμικής «τρομοκρατίας» στην περιοχή. Οπως φάνηκε από τις εξελίξεις που ακολούθησαν, το στρατιωτικό πραξικόπημα δεν ήταν επιθυμητό από τους Αμερικάνους, διότι εντείνει την ήδη υπάρχουσα αποσταθεροποίηση στην περιοχή, ενώ ο πρώην πρόεδρος ήταν σταθερός σύμμαχος των Αμερικάνων. Την επομένη του πραξικοπήματος τα γειτονικά καθεστώτα-μαριονέτες των ΗΠΑ αντέδρασαν έντονα απειλώντας με οικονομικές κυρώσεις τη χούντα. Οι ίδιοι οι Αμερικάνοι κάλεσαν τη χούντα ν’ αποκαταστήσει το σύνταγμα και να παραδώσει την εξουσία στους πολιτικούς. Υπό το βάρος των διεθνών πιέσεων για την αποκατάσταση του κοινοβουλίου, η χούντα τελικά αναγκάστηκε να δεσμευτεί ότι θ’ αποσυρθεί από τη διακυβέρνηση και κάλεσε τα πολιτικά κόμματα σε σύσκεψη για το μέλλον της χώρας.
Η ανάληψη της εξουσίας από το στρατό δεν επηρρέασε στο ελάχιστο τις εξελίξεις στα πολεμικά μέτωπα. Μια βδομάδα μετά το πραξικόπημα, την Κυριακή 1 Απρίλη, ο αντάρτικος στρατός των Τουαρέγκ κατέλαβε με ευκολία το Τιμπουκτού στο κεντρικό τμήμα της χώρας, ενώ ο κυβερνητικός στρατός αποχώρησε χωρίς να δώσει μάχη, παραδεχόμενος ότι δεν μπορεί να νικήσει, λόγω του εμπειροπόλεμου των ανταρτών. Μετά και την κατάληψη του Τιμπουκτού, το σύνολο του βορείου τμήματος της χώρας βρίσκεται υπό τον έλεγχο των ανταρτών. Οι πιθανότητες επέμβασης στρατευμάτων των ΗΠΑ ή γειτονικών χωρών μοιάζουν λιγοστές, αφού οι Τουαρέγκ είναι καλά εξοπλισμένοι και εκπαιδευμένοι στον ανταρτοπόλεμο στην έρημο, γεγονός που λειτουργεί αποτρεπτικά.
Σημαντικό ρόλο στην έναρξη και τη μέχρι τώρα νικηφόρα πορεία της εξέγερσης έπαιξε ο πόλεμος στη Λιβύη, στον οποίο συμμετείχαν στο πλευρό του Καντάφι πολυάριθμοι Τουαρέγκ. Μετά το τέλος του πολέμου, 2.500 πολεμιστές επέστρεψαν στο Μάλι οπλισμένοι σαν αστακοί. Εκτός από τα όπλα που τους παρείχε ο Καντάφι, πολλά άλλα, βαρέως τύπου, έπεσαν στα χέρια τους από τη λεηλασία των αποθηκών του στρατού και την τεράστια διασπορά πολεμικού υλικού. Ο συνδυασμός του καλού εξοπλισμού των Τουαρέγκ με την απεραντοσύνη και την ιδιαιτερότητα του φυσικού ανάγλυφου του τμήματος της χώρας, που ανήκει στην υποσαχάρια Αφρική, και το οποίο μόνο οι Τουαρέγκ γνωρίζουν καλά, έκανε την αντιμετώπισή τους από το στρατό του Μάλι αδύνατη. Οι πραξικοπηματίες έχουν καλέσει τους ηγέτες των ανταρτών σε συνομιλίες, χωρίς να έχει υπάρξει κάποιο αποτέλεσμα μέχρι αυτή τη στιγμή.
Η επέμβαση του ΝΑΤΟ στη Λιβύη μόνο σταθερότητα δεν έφερε στην περιοχή. Εκτός από τις διάφορες φατρίες και φυλές που παλεύουν για την εξουσία, οι Αμερικάνοι και το ΝΑΤΟ έχουν να αντιμετωπίσουν ένα επιπρόσθετο πονοκέφαλο που ακούει στο όνομα αυτονομιστικά κινήματα που χαρακτηρίζονται κυρίως από τον ριζοσπαστικό ισλαμισμό, είτε στη Μέση Ανατολή (Υεμένη) είτε στη Βόρεια και Κεντρική Αφρική (Μάλι, Σομαλία, Νιγηρία). Αυτά τα κινήματα εξοπλίστηκαν σε μεγάλο βαθμό από την τεράστια διασπορά πολεμικού υλικού και το λαθρεμπόριο όπλων που υπήρξε στη Λιβύη κατά τη διάρκεια του πολέμου.
