Πόλεμο κατά των διαδηλωτών που κατέκλυζαν τους δρόμους της πρωτεύουσας Μανάμα από τις 14 Φλεβάρη, διεκδικώντας πολιτικές μεταρρυθμίσεις, κατάργηση των διακρίσεων σε βάρος του σιιτικού πληθυσμού και μέτρα ενάντια στη φτώχεια και την ανεργία, κήρυξε η σουνιτική δυναστεία των Αλ – Χαλίφα, που κυβερνά τη χώρα περισσότερο από δύο αιώνες.
Τουλάχιστον 6 άνθρωποι σκοτώθηκαν και εκατοντάδες διαδηλωτές τραυματίστηκαν το πρωί της 16ης Μαρτίου, όταν ισχυρές αστυνομικές και στρατιωτικές δυνάμεις, με την υποστήριξη τανκς και ελικοπτέρων, έκαναν έφοδο, χρησιμοποιώντας δακρυγόνα και πραγματικά πυρά, εναντίον εκατοντάδων διαδηλωτών που είχαν κατασκηνώσει στην πλατεία του Μαργαριταριού, κέντρο και σύμβολο της λαϊκής εξέγερσης. Οι διαδηλωτές σκορπίστηκαν στους γύρω δρόμους, ενώ παράλληλα ο στρατός γκρέμισε τα οδοφράγματα, πίσω από τα οποία είχαν οχυρωθεί διαδηλωτές στο οικονομικό κέντρο της πρωτεύ-ουσας και σε άλλους κεντρικούς δρόμους, και καταδίωξε όσους διαδηλωτές υπήρχαν εκείνη την ώρα στο κέντρο της πόλης.
Από τις 4.00 το απόγευμα ο στρατός επέβαλε απαγόρευση της κυκλοφορίας σε μεγάλο τμήμα της πρωτεύουσας για 12 ώρες και απαγόρευσε τις συγκεντρώσεις και τις διαδηλώσεις σ’ όλη τη χώρα.
Γιατροί και αυτόπτες μάρτυρες κατήγγειλαν ότι το νοσοκομείο Σουλμανίγια, το μεγαλύτερο της πρωτεύ-ουσας, περικυκλώθηκε από στρατεύματα και απαγορεύτηκε η είσοδος και η έξοδος σε όλους, με αποτέλεσμα πολλοί τραυματίες να περιθάλπονται σε τζαμιά και σπίτια. Γι’ αυτό και δεν μπορεί να προσδιοριστεί αυτή τη στιγμή ο ακριβής αριθμός των θυμάτων. Σύμφωνα με ρεπορτάζ του BBC (16/3/11), μια γιατρός δήλωσε ότι αυτή και οι συνάδελφοί της κρύβονταν από τους στρατιώτες, που είχαν καταλάβει το κτίριο και πυροβολούσαν ανθρώπους μέσα στο νοσοκομείο, ενώ απειλούσαν τους γιατρούς με πραγματικά πυρά. Ενας άλλος γιατρός χειρούργος δήλωσε επίσης στο BBC ότι είχε κληθεί σε ένα ιδιωτικό νοσοκομείο να χειρουργήσει έναν άντρα με τραύματα από πυροβολισμούς, αλλά αναγκάστηκε να γυρίσει πίσω, και ότι οι ισχυρισμοί της κυβέρνησης ότι δεν στερούνταν ιατρικής περίθαλψης οι τραυματίες διαδηλωτές είναι ψευδείς. Και πρόσθεσε: «Είμαι τρομοκρατημένος. Αυτό που γίνεται είναι γενοκτονία εναντίον των Σιιτών».
Μιλώντας στο πρακτορείο «Ρόιτερς», ο επικεφαλής της σιιτικής αντιπολίτευσης Αμπντέλ Τζαλίλ Χαλίλ δήλωσε ότι «πρόκειται για πόλεμο εξόντωσης» των αντιφρονούντων, ενώ ο υπουργός Υγείας του Μπαχρέιν Νιζάρ Μπαχάρνα υπέβαλε την παραίτησή του, έπειτα από την εισβολή του στρατού στο νοσοκομείο Σουλμανίγια, όπου είχαν καταφύγει πολλοί τραυματίες και άλλοι διαδηλωτές. Την παραίτησή τους ανακοίνωσαν επίσης 12 σιίτες δικαστές ως ένδειξη διαμαρτυρίας για τη βίαιη διάλυση της καθιστικής διαμαρτυρίας στην πλατεία Μαργαριταριού.
Η βάρβαρη εκκαθαριστική επιχείρηση στην πλατεία Μαργαριταριού και στη γύρω περιοχή έγινε μια μέρα μετά την κήρυξη από το βασιλιά Χαμάντ στρατιωτικού νόμου στη χώρα για τρεις μήνες και δύο μέρες μετά την άφιξη στο Μπαχρέιν 2.000 στρατιωτών από τη Σαουδική Αραβία και τα Ενωμένα Αραβικά Εμιράτα, με αίτημα του βασιλιά Χαμάντ, στα πλαίσια του Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου, υποτίθεται για την προστασία κυβερνητικών κτιρίων και πετρελαϊκών εγκαταστάσεων από τους διαδηλωτές, παρόλο που ποτέ δεν είχαν δεχτεί επίθεση από τους τελευταίους.
Η στρατιωτική παρέμβαση της σαουδαραβικής μοναρχίας στο Μπαχρέιν, που χαρακτηρίστηκε από τη σιιτική αντιπολίτευση «ακήρυχτος πόλεμος εναντίον ανυπεράσπιστων διαδηλωτών» και «κατοχή» της χώρας, έχει στόχο αφενός να στηρίξει τη δυναστεία Αλ – Χαλίφα και αφετέρου να σταματήσει την εξάπλωση των διαδηλώσεων στην πλούσια σε πετρέλαιο ανατολική Σαουδική Αραβία, όπου η πλειοψηφία του πληθυσμού είναι σιίτες (2 εκατομμύρια περίπου), που διατηρούν στενούς πολιτιστικούς αλλά και οικογενειακούς δεσμούς με τους σιίτες του Μπαχρέιν και του Ιράν.