Δύο διώξεις έχουν ασκηθεί από την Εισαγγελία Εφετών Θράκης σε βάρος του νομάρχη Καβάλας –και στελέχους της ΝΔ– Θ. Καλλιοντζή. Η πρώτη απ’ αυτές εκδικάζεται στις 8 Οκτώβρη του 2008 στο Τριμελές Εφετείο Θράκης για παράβαση καθήκοντος. Κατηγορούμενοι στη δίκη αυτή είναι άλλοι επτά, τέσσερις εκπρόσωποι αλιευτικών επιχειρήσεων, ένας εκπρόσωπος σφαγείου, ο αρμόδιος αντινομάρχης και ο προϊστάμενος της Διεύθυνσης Κτηνιατρικής Καβάλας. Ο Θ. Καλλιοντζής παραπέμπεται ως κατηγορούμενος, γιατί: Πρώτο, αρνήθηκε να υπογράψει σχέδιο αποφάσεων της Διεύθυνσης Κτηνιατρικής Καβάλας, με τις οποίες διακοπτόταν προσωρινά και οριστικά η λειτουργία τεσσάρων επιχειρήσεων αλιευτικών προϊόντων και έτσι έθεσε σε κίνδυνο τη δημόσια υγεία. Δεύτερο, δεν επέβαλε πρόστιμα στον εκπρόσωπο σφαγείου στην Καβάλα που παραβίαζε την εθνική και κοινοτική νομοθεσία. Τρίτο, μετέθεσε και υποβίβασε, παράνομα, υπάλληλο της Διεύθυνσης Κτηνιατρικής Καβάλας, που ήταν απ’ αυτούς που εισηγήθηκαν τις συγκεκριμένες αποφάσεις και πρωτοστάτησε υπηρεσιακά στην αυστηρή εφαρμογή της νομοθεσίας και στην υπεράσπιση της δημόσιας υγείας, συνεπεία δε των διώξεων και των κυνηγητών εκ μέρους του νομάρχη έχει κλονιστεί σοβαρά η υγεία της. Παρά τις συνεχείς και αποκαλυπτικές καταγγελίες της υπαλλήλου στους υπουργούς Π. Παυλόπουλο, Ε. Μπασιάκο, Α. Κοντό και στον Κ. Καραμανλή, ο Θ. Καλλιοντζής είχε την πλήρη κάλυψή τους (και από τη ΝΔ). Την κάλυψη αυτή την εξέλαβε ως δύναμή του και συνέχισε το κυνηγητό της υπαλλήλου, θέλοντας να στείλει εμμέσως πλην σαφώς μήνυμα στους υπάλληλους της Νομαρχίας να μη διανοηθούν να κάνουν αυστηρούς ελέγχους γιατί θα έχουν την τύχη της.
Η δεύτερη υπόθεση εκδικάζεται την 1η Δεκέμβρη του 2008 και σ’ αυτή ο νομάρχης παραπέμπεται με την κατηγορία της παράβασης καθήκοντος κατ’ εξακολούθηση, γιατί ενώ είχαν ασκηθεί ποινικές διώξεις σε βάρος τεσσάρων υπαλλήλων της Διεύθυνσης Κτηνιατρικής Καβάλας, «αρκέστηκε στο να δώσει αόριστη παραγγελία στις 24-11-2004 για την διενέργεια Ενορκης Διοικητικής Εξέτασης». Συγκατηγορούμενός του σ’ αυτή τη δίκη είναι ο υπάλληλος που είχε χρεωθεί την ΕΔΕ, «που χρειάστηκε τρία χρόνια» (!) για να την ολοκληρώσει. Η παραπομπή του Θ. Καλλιοντζή με την κατηγορία της παράβασης καθήκοντος για ζητήματα που άπτονται της υπεράσπισης της δημόσιας υγείας, και μάλιστα σε δύο δίκες, αποτελεί δικαίωση της υπαλλήλου. Μπαίνει δε σε δεύτερη μοίρα η κατάληξη της ποινικής μεταχείρισης του Θ. Καλλιοντζή, ο οποίος ακόμη και τώρα κρατάει ακέφαλο το Τμήμα της Διεύθυνσης Κτηνιατρικής που είναι επιφορτισμένο με την υπεράσπιση της δημόσιας υγείας. Το Τμήμα δηλαδή του οποίου προΐστατο η υπάλληλος που αυτός κυνήγησε, επειδή έκανε σωστά τη δουλειά της.
