Στις 4 Μάρτη του 2009, δημοσιεύτηκε ο νόμος στον οποίο συμπεριλήφθηκε τροπολογία με την οποία έγιναν μια σειρά νομοθετικές παρεμβάσεις με τις οποίες ο ΕΦΕΤ έπαυσε μεν να εποπτεύεται από το υπουργείο Ανάπτυξης, αλλά δεν πέρασε στην ουσιαστική εποπτεία του υπουργείου Γεωργίας και των υπηρεσιών του. Με τις νομοθετικές παρεμβάσεις αποψιλώνεται η Γενική Διεύθυνση Κτηνιατρικής του υπουργείου Γεωργίας από τις αρμοδιότητές της, όπως και οι Διευθύνσεις Κτηνιατρικής των Νομαρχιακών Αυτοδιοικήσεων. Ακόμη, με ΠΔ θα μεταφερθούν και άλλες αρμοδιότητες σχετικές με τα τρόφιμα στον ΕΦΕΤ, ενώ μπορούν να τροποποιούνται διατάξεις του ιδρυτικού νόμου του ΕΦΕΤ (2741/1999).
Μέχρι τις 4 Σεπτέμβρη πρέπει να βγει η υπουργική απόφαση με την οποία θα μεταφερθούν οι αρμοδιότητες της Γενικής Διεύθυνσης Κτηνιατρικής στον ΕΦΕΤ. Ποιο θα είναι το επόμενο βήμα; Να προχωρήσουν στην κατάργηση της Γενικής Διεύθυνσης Κτηνιατρικής. Αυτό αποδεικνύεται και από το παρακάτω γεγονός. Στις 6 Μάρτη του 2009, με απόφαση του Σ. Χατζηγάκη, συγκροτήθηκε επιτροπή με σκοπό υποτίθεται να προχωρήσει στην οργανωτική ανασυγκρότηση των υπηρεσιών του υπουργείου Γεωργίας. Και ενώ η επιτροπή αυτή έχει σοβαρό έργο να επιτελέσει, ο υπουργός Γεωργίας της έδωσε μόνο δύο μήνες, χρόνο μέσα στον οποίο δεν μπορούσε να καταλήξει σε προτάσεις. Σε ανάλογες περιπτώσεις, ο υπουργός παρατείνει τη ζωή της επιτροπής, προκειμένου αυτή να βγάλει πόρισμα. Στην προκειμένη όμως περίπτωση, ο Σ. Χατζηγάκης δεν παρέτεινε το χρόνο.
Μέλη της επιτροπής είχαν προτείνει να δημιουργηθεί στο υπουργείο Γεωργίας Γενική Γραμματεία που θα αναλάβει την εποπτεία του ΕΦΕΤ. Αυτό δεν έγινε δεκτό, γιατί όπως προαναφέραμε στόχος των εμπνευστών αυτών των νομοθετικών παρεμβάσεων ήταν και παραμένει η αποψίλωση του υπουργείου Γεωργίας και των αρμόδιων υπηρεσιών του και η μετατροπή του ΕΦΕΤ σε ένα υπερφορέα, μακριά από το υπουργείο Γεωργίας, που θα διεξάγει εικονικούς ελέγχους καταλληλότητας των τροφίμων. Ετσι, οι όποιες ανακοινώσεις της πολιτικής ηγεσίας του υπουργείου Γεωργίας για το ρόλο του ΕΦΕΤ θα είναι εκ του πονηρού και θα αποσκοπούν να συγκαλύψουν την πραγματική της πολιτική που δεν είναι άλλη από την παραπέρα μπαχαλοποίηση του συστήματος των ελέγχων των τροφίμων, των ζωοτροφών και όλων των προϊόντων που μπαίνουν στην τροφική και ζωοτροφική αλυσίδα (π.χ. φαρμάκων, προσθετικών στις ζωοτροφές κ.ά).
