Ο Θ. Αληφακιώτης, που ήταν γενικός γραμματέας του υπουργείου Γεωργίας από το Μάρτη του 2004 μέχρι την 1η Αυγούστου του 2005, μέρα που εξωθήθηκε σε παραίτηση από τον τότε υπουργό Γεωργίας Ε. Μπασιάκο, αποφάσισε να βγει και να αποκαλύψει δημόσια για ποιο λόγο η πολιτική ηγεσία του υπουργείου Γεωργίας διαχρονικά έχει εξαπολύσει άγριο κυνηγητό κατά του υπαλλήλου του υπουργείου Γ. Μπακαγιάννη, που υπήρξε σύμβουλός του μέχρι τις 16 Φλεβάρη του 2005. Ο Θ. Αληφακιώτης, που άφησε για τέσσερα χρόνια ακάλυπτο τον πρώην συνεργάτη του, στις 11 Ιούνη του 2009 έδωσε τρισέλιδη ένορκη κατάθεση στο Ειρηνοδικείο Αθηνών, στην οποία αποκαλύπτει το ρόλο της πολιτικής ηγεσίας. Παραθέτουμε αποσπάσματα από την κατάθεσή του και καλούμε την τωρινή πολιτική ηγεσία του υπουργείου Γεωργίας να σταματήσει εδώ και τώρα τις διώξεις σε βάρος του υπαλλήλου, να πάρει πίσω τις αποφάσεις για τρίμηνη αργία και στέρηση μισθού και να τον αποκαταστήσει πλήρως σε όλα τα επίπεδα:
«Διετέλεσα Γενικός Γραμματέας στο Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων κατά το διάστημα από τον Μάρτη του 2004 έως και την 1η Αυγούστου 2005, οπότε και εξαναγκάστηκα σε παραίτηση λόγω διαφωνίας μου με την τότε πολιτική ηγεσία του Υπουργείου υπό τον κ. Ευάγγελο Μπασιάκο. Τον κ. Μπακαγιάννη τον γνωρίζω από το 1983, όταν αυτός εργαζόταν ως –πρωτοδιορισθείς– στον Μελισσοκομικό σταθμό του υπουργείου Γεωργίας στα Ν. Μουδανιά και εγώ είχα πειραματικές εγκαταστάσεις του ΑΠΘ στον ίδιο σταθμό και έχω την πεποίθηση πως είναι καθ’ όλα ευγενές, με άποψη και υπευθυνότητα άτομο…
Κατ’ εντολή μου, ο κ. Γεώργιος Μπακαγιάννης συνέταξε στα μέσα Φεβρουαρίου 2005 μια πορισματική έκθεση σε θέματα δακοκτονίας, ως αποτέλεσμα ευρείας σύσκεψης στο υπουργείο με υπηρεσιακούς και εξωτερι- κούς παράγοντες σχετικούς με το θέμα. Η έκθεση αυτή, το περιεχόμενο της οποίας ήταν πράγματι εξαιρετικά ενδιαφέρον, κοινοποιήθηκε στον υπουργό κ. Ευάγγελο Μπασιάκο, στον τότε υφυπουργό κ. Αλέξανδρο Κοντό καθώς και στον προϊστάμενο της Διεύθυνσης Φυτικής Παραγωγής (…) Στην εν λόγω έκθεση γινόταν αναφορά στο ζήτημα της μονοπωλιακής προμήθειας από το Ελληνικό Δημόσιο για τα προηγούμενα 25 έτη ενός εντομοκτόνου σκευάσματος που περιείχε το χημικό σκεύ-ασμα fenthion. Στην ίδια έκθεση γινόταν επίκληση δύο ενημερωτικών σημειωμάτων από το 2003 και το 2005 του Μπενακείου Φυτοπαθολογικού Ινστιτούτου καθώς και της από τον Φεβρουάριο του 2005 Εκθεσης Συμπερασμάτων και Προτάσεων της κ. Δήμητρας Προφήτου-Αθανασιάδου, Καθηγήτριας του Τμήματος Γεωπονίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Η έκθεση αυτή κατέληγε στο συμπέρασμα ότι πρέπει να απαγορευθεί η χρήση του σκευάσματος fenthion της εταιρείας Bayer για το λόγο ότι το σκεύασμα αυτό είναι επικίνδυνο για τη δημόσια υγεία, δεδομένου μάλιστα ότι εκείνη την περίοδο σχεδιάζονταν η λήψη τελικής απόφασης για την απαγόρευσή του από τα αρμόδια όργανα των χωρών της ΕΕ…
Τελικά, η εκπόνηση της ανωτέρω πορισματικής έκθεσης του κ. Μπακαγιάννη, αποτέλεσε το λόγο για την άμεση απομάκρυνσή του στις 16-2-2005 από τη θέση του ειδικού συμβούλου μου, κατόπιν ρητής εντολής του υπουργού κ. Ευαγγέλου Μπασιάκου και τη μετακίνηση του κ. Μπακιαγιάννη από το Τμήμα Προστασίας Φυτών της Διεύθυνσης Προστασίας Φυτικής Παραγωγής της Κεντρικής Υπηρεσίας του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, όπου ήταν και η οργανική του θέση (…) στο Τμήμα Λιπασμάτων…
Ολα τα ανωτέρω τα δηλώνω υπευθύνως, καθόσον περιγράφουν επ’ ακριβώς την συμπεριφορά της Διοίκησης απέναντι στον πρώην συνεργάτη μου. Αυτά τα γνωρίζω εξ ιδίας αντιλήψεως και δεν έχω τίποτα άλλο να προσθέσω».
Σύμφωνα με τον Θ. Αληφακιώτη, ο Γ. Μπακαγιάννης κυνηγήθηκε από την προηγούμενη πολιτική ηγεσία, γιατί τόλμησε να υπερασπιστεί τη δημόσια υγεία και το δημόσιο συμφέρον. Μπαίνει, λοιπόν, το ερώτημα. Ο υπουργός Γεωργίας Σ. Χατζηγάκης και μετά την ένορκη κατάθεση του Θ. Αληφακιώτη θα συνεχίσει το κυνηγητό των προκατόχων του κατά του Γ. Μπακαγιάννη, τη στιγμή μάλιστα που βγήκε απόφαση από την ΕΕ για απαγόρευση των φαρμάκων αυτών; Εάν το συνεχίσει, τότε θα σημαίνει ότι θεωρεί ψευδείς τους ισχυρισμούς του Θ Αληφακιώτη. Τον προκαλούμε, λοιπόν, εάν έχει σθένος, να βγει να το πει δημόσια. Οσο δεν το κάνει, εμείς θα απαιτούμε εδώ και τώρα να σταματήσουν οι διώξεις σε βάρος του Γ. Μπακαγιάννη, να του δοθούν όλα τα έξοδα στα οποία υποβλήθηκε για να υπερασπιστεί τον εαυτό του και να αποκατασταθεί πλήρως διοικητικά.